-Suda tamamen erimeyen gübreler (üre ve amonyum sülfat gibi), damla sulama sistemi için sakıncalıdır. Bu gübrelerin kullanılması gerekiyorsa, gübrenin önceden bir başka kap içerisinde eritilip katısı süzüldükten sonra gübre tankına konulması gerekir.
-Bitkilerin yıllık gübre ihtiyacı,sulama sayısına bölünerek fertigasyon için gerekli gübre miktarı hesaplanabilir. Ancak Sulama sisteminde gübre miktarı 5 g/ L’den fazla olamamalıdır.
-Fosfat içeren gübreler ile kalsiyum içeren gübreler birlikte kullanılmamalıdır.
-Kimyasal enjeksiyon sistemlerinde geriye dönüşü önleyen ekipmanlar kullanılmalıdır.
-Gübreleme tamamlandıktan sonra damlama sulama sistemi 10-15 dakika sadece su ile çalıştırılmaya devam edilmelidir.
-Frtigasyonda kullanılan sulama suyu pH düzeyi 5.5- 6.5 arasına olmalıdır. Bu aralığı sağlamak için fosforik asit, nitrik asit, sülfürik asit ve ya hidroklorik asit gibi asitler kullanılabilir. Aksi takdirde laterallerde ve damlatıcılarda tıkanmalar olabilir.